Веллер, Дж. И. Геномная селекция животных / Дж. И. Веллер ; ред. К. В. Племяшов. - Санкт-Петербург : Проспект науки, 2018. - 207 с. : рис., табл. - Библиогр.: с. 188-198. - ISBN 978-0-470-96007-3 (англ.). - ISBN 978-5-906106-58-3 (рус.) : 129.36 р. Приложения: с. 199-207 Содержание: ИСТОРИЧЕСКИЙ ОБЗОР . - С .12 Менделевская теория генетики . - С .12-13 Менделевская основа количественной вариации . - С .13 Выявление QTL с помощью морфологических и биохимических маркеров . - С .13-14 ДНК-маркеры, 1974-1994 гг. . - С .14-15 Развитие ДНК-маркеров, начиная с 1995 года: SNP и CNV . - С .16 Выявление QTL до появления геномной селекции . - С .16-17 MAS (marker-assisted selection) до появления геномной селекции . - С .17-18 ТИПЫ СОВРЕМЕННЫХ ГЕНЕТИЧЕСКИХ МАРКЕРОВ И МЕТОДОЛОГИИ ГЕНОТИПИРОВАНИЯ . - С .19 От биохимических маркеров до ДНК-маркеров . - С .19-20 Микросателлиты ДНК . - С .20-21 Однонуклеотидные полиморфизмы . - С .21 Вариация числа копий . - С .21-22 Полное секвенирование генома . - С .22-23 ПЕРЕДОВЫЕ ПРОГРАММЫ РАЗВЕДЕНИЯ ЖИВОТНЫХ ДО ПОЯВЛЕНИЯ ГЕНОМНОЙ СЕЛЕКЦИИ . - С .24 Внутрипородная селекция: основные принципы и уравнения . - С .24-25 Традиционные схемы селекции для молочного скота . - С .25-28 Схемы межпородного скрещивания: преимущества и недостатки . - С .28-29 ЭКОНОМИЧЕСКАЯ ОЦЕНКА ГЕНЕТИЧЕСКИХ СЕЛЕКЦИОННЫХ ПРОГРАММ . - С .30 Национальная экономика и конкуренция между селекционерами . - С .30-32 Критерии экономической оценки: горизонт прибыли, процентная ставка и доходность инвестиций . - С .32-33 НАИМЕНЬШИЕ КВАДРАТЫ, МАКСИМАЛЬНОЕ ПРАВДОПОДОБИЕ И БАЙЕСОВСКАЯ ОЦЕНКА ПАРАМЕТРОВ . - С .34 Оценка параметров методом наименьших квадратов . - С .34-36 Оценка МП для одного параметра . - С .36-38 Многопараметрическая оценка МП . - С .38-39 Методы максимизации функций правдоподобия . - С .40 Доверительные интервалы и тестирование гипотез для MLE . - С .40-41 Байесовская оценка . - С .41-42 Оценка параметров с помощью сэмплирования по Гиббсу . - С .42-43 ГЕНЕТИЧЕСКАЯ ОЦЕНКА НА ОСНОВЕ ПРИЗНАКОВ: СМЕШАННАЯ МОДЕЛЬ . - С .44 Принципы селекционного индекса . - С .45-47 Смешанная линейная модель . - С .47-48 Уравнения смешанной модели (УСМ) . - С .48-49 Решение уравнений смешанной модели (УСМ) . - С .49-50 Важные свойства решений УСМ . - С .50-51 Многомерный анализ смешанной модели . - С .51-52 Модель отдельной особи . - С .52-54 Отклонение продуктивности (YD) и отклонение продуктивности дочерей (DYD) . - С .54-55 Анализ DYD в качестве зависимой переменной . - С .55-56 МАКСИМАЛЬНОЕ ПРАВДОПОДОБИЕ И БАЙЕСОВСКАЯ ОЦЕНКА ПАРАМЕТРОВ QTL С ВКЛЮЧЕНИЕМ СЛУЧАЙНЫХ ЭФФЕКТОВ В МОДЕЛЬ . - С .57 Оценка максимального правдоподобия эффектов QTL с включением случайных эффектов в модель, схема дочери . - С .57-59 Схема внучки . - С .59-61 Определение априорных распределений параметров QTL для схемы внучки . - С .61-64 Формула для байесовской оценки и проверки значимости сегрегирующего QTL в схеме внучки . - С .64-65 МАКСИМАЛЬНОЕ ПРАВДОПОДОБИЕ, ОГРАНИЧЕННОЕ МАКСИМАЛЬНОЕ ПРАВДОПОДОБИЕ И БАЙЕСОВСКОЕ ОЦЕНИВАНИЕ ДЛЯ СМЕШАННЫХ МОДЕЛЕЙ . - С .66 Вывод решений уравнений смешанной модели с максимальным правдоподобием . - С .66-67 Оценка компонентов дисперсии смешанной модели . - С .67 Оценка максимального правдоподобия КД . - С .68-70 Оценка КД методом ограниченного максимального правдоподобия . - С .70-71 Оценка КД с помощью сэмплирования Гиббса . - С .71-74 РАСПРЕДЕЛЕНИЕ ГЕНЕТИЧЕСКИХ ЭФФЕКТОВ, ТЕОРИЯ И РЕЗУЛЬТАТЫ . - С .75 Моделирование полигенной дисперсии . - С .75-77 Эффективное число QTL . - С .77 Случай «утерянной наследственности» . - С .78-79 Методы определения причинных мутаций для QTL у животных и людей . - С .79-80 Определение QTN у молочного скота . - С .80-81 Оценка числа сегрегирующего QTL на основе исследований картирования сцеплений . - С .81-83 Результаты сканирования генома молочного скота по схеме внучки . - С .83 Результаты исследования общегеномных ассоциаций у молочного скота с помощью SNP-чипов . - С .83-85 ПРОБЛЕМА МНОЖЕСТВЕННОГО СРАВНЕНИЯ . - С .86 Множественные маркеры и полногеномное сканирование . - С .86-88 Обнаружение QTL с помощью перестановочных тестов . - С .88-89 Обнаружение QTL на основе частоты ложного обнаружения . - С .89-92 Априорное определение доли ложных положительных тестов . - С .92-93 Смещение в оценке множественных QTL . - С .94 Байесовская оценка QTL на основе полногеномного сканирования: теория . - С .95-96 Байесовские модели А и В . - С .96-98 Байесовская оценка QTL на основе полногеномного сканирования: результаты моделирования . - С .98-99 КАРТИРОВАНИЕ С ПОМОЩЬЮ СЦЕПЛЕНИЙ QTL . - С .100 Интервальное картирование с помощью нелинейной регрессии: схема обратного скрещивания . - С .100-102 Интервальное картирование для схемы дочери и внучки . - С .102-104 Вычисление доверительных интервалов . - С .104-105 Модельные исследования CI . - С .105-106 Эмпирические методы оценки CI, методы параметрического и непараметрического бутстрэпа и метод «складного ножа» . - С .106-107 КАРТИРОВАНИЕ QTL С ПОМОЩЬЮ НЕРАВНОВЕСНОГО СЦЕПЛЕНИЯ . - С .109 Оценка неравновесного сцепления в популяциях животных . - С .109-110 Картирование QTL с помощью LD: основные принципы . - С .111-112 Объединенное картирование сцеплением и LD . - С .112-113 LD картирование множества признаков и множества QTL . - С .113-114 МАРКЕР-ОРИЕНТИРОВАННАЯ СЕЛЕКЦИЯ: ОСНОВНЫЕ СТРАТЕГИИ . - С .115 Ситуации, в которых селекционный индекс неэффективен . - С .115-117 Потенциальный вклад MAS во внутрипородную селекцию: общие вопросы . - С .117 Фенотипический отбор в сравнении с MAS для индивидуального отбора . - С .118-119 MAS для признаков, связанных с полом . - С .119-120 MAS с маркерной фенотипической информацией о родственниках . - С .120 Максимальная эффективность MAS при всех известных QTL в отношении селекции на основе признаков и снижение RSE в связи с вариантностью выборки . - С .120-121 Информация о маркерах в сегрегирующих популяциях . - С .121 Выключение информации о маркерах в генетические оценки "модели животных" . - С .122-123 Прогнозируемые генетические тренды при GEBY: результаты моделирования . - С .123-124 ГЕНЕТИЧЕСКАЯ ОЦЕНКА НА ОСНОВЕ ПЛОТНЫХ МАРКЕРНЫХ КАРТ: ОСНОВНЫЕ СТРАТЕГИИ . - С .125 Основные этапы геномной оценки . - С .125-126 Оценка точности GEBY . - С .126 Источники смещения в геномной оценке . - С .126-127 Являются ли маркерные эффекты фиксированными или случайными? . - С .127-128 Отдельные маркеры или гаплотипы . - С .128-129 Количество маркеров, пригодных для использования, в сравнении с общим числом маркеров . - С .129 Отклонение частот генотипа от их ожиданий . - С .129-130 Включение всех маркеров в сравнении с отбором маркеров с существенными эффектами . - С .130-131 Матрица геномных отношений . - С .131-132 ГЕНЕТИЧЕСКАЯ ОЦЕНКА, ОСНОВАННАЯ НА АНАЛИЗЕ ГЕНЕТИЧЕСКИХ ОЦЕНОК ИЛИ ОЦЕНОК С ПОМОЩЬЮ DYD . - С .133 Сравнение одношаговых и многошаговых моделей . - С .133-134 Вывод и свойства отклонения продуктивности дочери и DYD . - С .131-135 Вычисление "дерегрессированных" генетических оценок . - С .135-136 Анализ DYD как зависимой переменной со всеми маркерами, включенными в качестве случайных эффектов . - С .137-139 Вычисление достоверности GEBV . - С .139 Байесовское взвешивание маркерных эффектов . - С .139-140 Дополнительные байесовские методы геномной оценки . - С .140-141 ГЕНОМНАЯ ОЦЕНКА НА ОСНОВЕ АНАЛИЗА ЗАПИСЕЙ ПРОДУКТИВНОСТИ . - С .142 Одношаговые методологии: базовая стратегия . - С .142-143 Вычисление модифицированной матрицы отношений, когда только часть животных генотипирована: проблема . - С .143 Критерии для допустимых матриц генетических отношений . - С .143-144 Вычисление модифицированной матрицы отношений, когда только часть животных генотипирована: решение . - С .144-145 Решение УСМ без инвертирования матрицы H . - С .145 Инвертирование матрицы геномных отношений . - С .145-146 Оценка надежности значений геномной племенной ценности, полученных одношаговыми методами . - С .146-147 Одношаговое вычисление геномных оценок с использованием неодинаково взвешенных маркерных эффектов . - С .147-149 ВАЛИДАЦИЯ МЕТОДИК ГЕНОМНЫХ ОЦЕНОК ПЛЕМЕННОЙ ЦЕННОСТИ . - С .150 Критерии качественной оценки прогноза племенной ценности . - С .150-151 Методы, используемые для проверки геномных генетических показателей . - С .151-152 Оценка двухшаговой методологии на основе смоделированных данных по молочному скоту . - С .152-153 Оценка многошаговой методологии на основе фактических данных по молочному скоту . - С .153-154 Оценка одношаговых методологий на основе фактических данных по молочному скоту . - С .155-156 Оценка одно- и многошаговых методологий, основанных на фактических данных по птице . - С .156 Оценка одно- и многошаговых методов на основе фактических данных по свиньям . - С .156-157 Оценка GEBV для растений на основе фактических данных . - С .157-158 ПОБОЧНЫЕ РЕЗУЛЬТАТЫ ГЕНОМНОГО АНАЛИЗА: ПРОВЕРКА И ОПРЕДЕЛЕНИЕ РОДОСЛОВНОЙ . - С .159 Влияние неверной идентификации родителя на программы разведения . - С .159-160 Принципы проверки и определения родословной с помощью генетических маркеров . - С .160-161 Подтверждение отцовства до появления SNP-чипов высокой плотности . - С .161-162 Подтверждение отцовства после появления SNP-чипов . - С .162-163 Проверка более отдаленных родственных связей . - С .163-164 Реконструкция родословной при помощи генетических маркеров высокой плотности . - С .164-165 ИМПУТАЦИЯ ОТСУТСТВУЮЩИХ ГЕНОТИПОВ: МЕТОДОЛОГИИ, ТОЧНОСТЬ И ВЛИЯНИЕ НА ГЕНОМНЫЕ ОЦЕНКИ . - С .166 Выявление гаплотипов для импутации . - С .167 Импутация у людей и сельскохозяйственных животных . - С .168 Алгоритмы импутации в популяциях людей и животных . - С .168-170 Сравнение точности и скорости методов импутации . - С .170-171 Влияние импутации на геномные генетические оценки . - С .171-172 ОБНАРУЖЕНИЕ И ПОДТВЕРЖДЕНИЕ НУКЛЕОТИДОВ КОЛИЧЕСТВЕННЫХ ПРИЗНАКОВ . - С .173 GWAS по экономически важным признакам у коммерческих видов животных . - С .174-175 Обнаружение QTN: стоит ли оно наших усилий? . - С .175-176 Обнаружение QTN у сельскохозяйственных животных: что является доказательством? . - С .176 Конкордантность между генотипами ДНК и статусом QTL . - С .176-177 Определение конкордантности по схеме APGD . - С .177-178 Выявление фазы у гетерозиготных дедов по QTL . - С .178-179 Выявление рецессивных деталей с помощью GWAS и эффекты, связанные с гетерозиготами . - С .179-180 Проверка QTN при помощи статистических и биологических методов . - С .180-181 ДАЛЬНЕЙШИЕ ИССЛЕДОВАНИЯ И ВЫВОДЫ . - С .182 Больше маркеров или больше особей с генотипами . - С .182-183 Вычисление геномных оценок для коров и телят . - С .183 Совершенствование методов геномной оценки . - С .183-184 Досрочные выводы . - С .184-186 Взвешивание оценок старых и молодых быков . - С .186 Прямая генетическая манипуляция у сельскохозяйственных животных . - С .186-187 Велогенетика: синергетическое использование MAS и манипуляции с зародышевым путем . - С .187
Кл.слова (ненормированные): С-Х ЖИВОТНЫЕ -- КРС -- СЕЛЕКЦИЯ -- МАРКЕР-ВСПОМОГАТЕЛЬНАЯ СЕЛЕКЦИЯ -- МЕТОДЫ СЕЛЕКЦИИ -- ГЕНОМЫ -- МОЛЕКУЛЯРНАЯ ГЕНЕТИКА -- ГЕНЕТИКА -- ЛОКУСЫ -- ЛОКУСЫ КОЛИЧЕСТВЕННЫХ ПРИЗНАКОВ -- МОРФОЛОГИЧЕСКИЕ МАРКЕРЫ -- БИОХИМИЧЕСКИЕ МАРКЕРЫ -- ГЕНЕТИЧЕСКИЕ МАРКЕРЫ -- RFLP -- SNP -- ПОЛИМОРФИЗМ -- ИЗМЕНЧИВОСТЬ -- ГЕНЕТИЧЕСКАЯ ИЗМЕНЧИВОСТЬ -- ГЕНОТИПЫ -- ОЦЕНКА -- МЕТОДЫ ОЦЕНКИ -- ХОЗЯЙСТВЕННО ПОЛЕЗНЫЕ ПРИЗНАКИ -- ПЛЕМЕННАЯ ЦЕННОСТЬ -- МОЛЕКУЛЯРНО-ГЕНЕТИЧЕСКИЕ МЕТОДЫ -- QTL-АНАЛИЗ -- ГЕНЕТИЧЕСКИЙ АНАЛИЗ -- ГЕНОМНЫЙ АНАЛИЗ -- ПРИЗНАКИ -- КОЛИЧЕСТВЕННЫЕ ПРИЗНАКИ -- ИССЛЕДОВАНИЯ -- ЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНЫЕ ИССЛЕДОВАНИЯ Аннотация: Перевод с английского языка монографии ведущего ученого Института зоологии Центра сельскохозяйственных исследований (Бет-Даган, Израиль). Описана геномная селекция, основанная на синтезе статистической и молекулярной генетик. Рассмотрены ранние эксперименты по выявлению локусов количественных признаков (QTL) при помощи морфологических и биохимических маркеров, начиная со знакового эксперимента Сакса с фасолью (Phaseolusvulgaris), развитие ДНК-маркеров, начиная с полиморфизмов длин рестрикционных фрагментов (RFLP) до однонуклеотидных полиморфизмов (SNP) и вариаций числа копий (CNV), обнаружение QTL и маркеропосредованная/ориентированная селекция (MAS) до возникновения геномной селекции. Доп.точки доступа: Племяшов, К. В. \ред.\ Экземпляры всего: 1 ОКД/636/618642 (1) Свободны: ОКД/636/618642 (1) |